一款热血的格斗街机游戏
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拳皇99千年之战FC版这是一款经典的街机游戏，格斗大会进入新的篇章N.E.S.T.S篇。一九九九年的世界格斗大会依然如期举行，这次大会是由神秘组织的首领古力查利度举办，他通过大会收集各地格斗家的数据，并试图将其克隆，亡图控制整个世界，他误以为K'是自己的克隆人，可是他万万没有想到，自己才是K'的复制品，古力查利度在被K'击败后，被克隆零宣布处死，自己也被N.E.S.T.S组织擦去了全部的记忆（其实他自己的记忆也是复制品）！
KOF99再次放弃前作成熟的系统，没有了模式选择，而改为所有人物通用的最大蓄满三颗宝珠的能量槽。并且取消了能量槽的继承系统。缩短了紧急回避的距离，加快了紧急回避的时间。并且向后回避时会向前小跳跃。同时可以CANCEL必杀技和超必杀。KOF系列也首次引入STRIKER和SUPER CANCEL的概念，并且新增爆气发动的反击模式和防护模式。
反击模式闪后进攻时必杀技的速度加快，可以CANCEL必杀技，而必杀技可以CANCEL超必杀。可以无限发超必杀，超必杀攻击判定加强，但出招变慢。不能发MAX超必杀。反击模式消失后能量槽也会消失一段时间，恢复后才能重新集气。
防护模式不能发超必杀，闪后进攻可以CANCEL必杀技，特定人物闪后进攻可CANCEL闪后进攻，防护模式被攻击后不会倒地，任何的攻击都不会中断。
对战模式也更改为4VS4，启用了创新的援护系统，队伍中第四人作为援护，可发动援护攻击。
A：轻拳
B：轻腿
C：重拳
D：重腿
前冲：→→
后退：←←
小跳跃：向上方短按↖或↑或↗
中跳跃：冲刺中按↖或↑或↗
大跳跃：冲刺中按住↖或↗
防卫并紧急回避-前方：防卫中→+AB同时按（消费能量）
防卫并紧急回避-后方：防卫中←+AB同时按（消费能量）
特殊攻击：CD同时按
防卫并特殊攻击：防卫中CD同时按（消费能量）
防卫弹开：给与防卫中的对手一定时间的连续攻击
投技：前行靠近对方→+C
受身：倒地前按AB同时按
防御破坏
每个角色都有一定的防御耐久值，受对手连续攻击时防御耐久值便会减低，当超过极限后，就出现角色防御不能状态。
COUNTER HIT
COUNTER HIT是击溃对手特殊技、必杀技、超必杀技、“反击模式”和“装甲模式”状态下的通常技和奔跑，除攻击力加强之外，对手在倒地前会再次出现被攻击判定，此时能以任何方法作空中追打攻击。
反击模式
超必杀槽全满（3条）时，同时按A+B+C，发动后在倒数完毕前（大约22秒）可随意发动超必杀技；并可SUPER CANCEL，也就是必杀技接超必杀技、特殊技接超必杀技。反击模式后，该角色的超必杀槽被删除，一段时间后才可以恢复使用。
装甲模式
超必杀槽全满（3条）时，同时按B+C+D，发动后在倒数完毕前（大约9秒）不论受到任何攻击亦不会倒地，防御时不扣体力。装甲模式后，该角色的超必杀槽被删除，一段时间后才可以恢复使用。
超必杀技
消耗一颗援护珠，体力槽见红闪烁时则自动转为MAX超必杀技。
