经典的街机游戏让玩家重温童年
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口袋妖怪绿宝石穿墙版在关于“口袋妖怪”未来世界的章节将逐渐明了，将是个涉及大地和海洋的壮大的故事。主人公在游戏中必须要去阻止在“红宝石/蓝宝石”中出现的两大势力的阴谋。游戏中将加入可以游玩7大战斗的“BATTLE FRONTIER”。其中包括靠战斗来一决胜负的“BATTLE DOOM”，玩家将靠3匹口袋妖怪进行连战；还有靠运气的“BATTLE TUBE”，是从3个入口中选择其一，最终目标是到达终点的充满挑战的设施。
祐树（ユウキ）和小遥（ハルカ）
主角搬家来到丰缘地方的未白镇，被小田卷博士赠予神奇宝贝图鉴，踏上了冒险之旅。
火岩队（マグマ団）和水舰队（アクア団）
在红蓝宝石版中火岩队和水舰队会根据玩家选择的版本出现一个。在绿宝石版中，火岩队和水舰队将会同时登场。主角将要阻止他们的阴谋。
亚希达（エニシダ）
脖子上悬挂着神奇宝贝领航员，戴着墨镜的神秘男人。在绿宝石版中首次登场的他名为“金雀儿”。冒险中，主角在各种各样的地方同他邂逅。是对战开拓区的老板，只允许自己认可的训练家进入设施。
游戏的主角是一个刚刚搬家到未白镇的孩子。在游戏之初，主角可以自小田卷博士处选择木守宫、火稚鸡和水跃鱼中的一只作为自己的初学者神奇宝贝。主角的朋友兼劲敌也是一位神奇宝贝训练家，不时会挑战主角。游戏的两个主要目标是战胜道馆训练家最终成为联盟冠军和通过收服进化交换神奇宝贝来完成神奇宝贝图鉴。
在旅途中他们遭遇了火岩队和水舰队，前者想要借助固拉多扩张陆地，后者企图操纵盖欧卡扩张海洋。在两者召唤出各自的超古代神奇宝贝后，固拉多和盖欧卡并未服从命令，开始大战，将世界置于水火之中。主角唤醒了传说中的神奇宝贝烈空坐，后者平息了固拉多和盖欧卡的愤怒。主角在进入殿堂后可以邂逅全丰缘地方四处游走的拉帝亚斯和拉帝欧斯，并访问大挑战地区。
