除了基本的四个人龟兄弟以外，还有三个反派角色可以进行格斗
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忍者神龟格斗无敌版是一款超级好玩的格斗游戏，除了基本的四个人龟兄弟以外，还有三个反派角色可以进行格斗，分别是霍华德、卡西以及司雷德，游戏的玩法丰富，还有单人闯关模式，更有特别的大招，深受广大玩家的喜欢，喜欢的玩家不容错过！
本作拥有四个模式，在格斗游戏中还是比较多的。
故事模式：玩家只能在四个神龟中选择一位进行格斗，不断闯关，最后和大BOSS决斗，救出老师。
玩家VS玩家：也是大家小时候经常玩的一个模式，所有的七个角色都可以选择。
人机对战：玩家可以选择与机器对战，也是七个人物中选择，除了自己还可以确定电脑对手。
竞赛模式：竞赛模式下，每次出场四名角色，可以任意选择游戏以及电脑，以淘汰赛的方式进行对战。
本作的技能招式非常简单，由于按键少，所以不少招式很容易就可以释放。
| 人物 | 技能 | 人物 | 技能 |
| 达芬奇 | ↓↙←A、 ↓+A | 卡西 | ↓(蓄力)↑B、→↘↓↙←B、 →B(靠近) |
| 拉斐尔 | ←(蓄力)→B、→B(靠近) | 霍华德 | ↓↘→A、 (跳跃中)↑+B(或A)、→B(靠近) |
| 米开朗基罗 | ↙(蓄力)↗A(或B)不同方向 | 斯雷德 | →↘↓↙←B、连发B |
| 多纳泰罗 | ↓↙(蓄力)↑A | 球的使用 | ↓+B键捡球、↓↘→+B发射 |
