街机版已有关卡在移植后也有一定程度的流程变化，调整了部分关底Boss的设定
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公元2631年9月12日，一颗神秘的陨石坠落在新西兰附近的加尔加群岛上。两年以后的2633年12月，联邦军司令部得到消息，说一个叫做“红鹰”的武装组织开始把加尔加群岛地区修建成一个发动异型侵略战争的基地。于是，防卫军“魂斗罗”成员比尔·雷泽【Bill Rizer(E儿亏不于一)】和兰斯·比恩【Lance Bean(亏>又比一>)】被送去破坏对方的计划。
这次行动获得圆满成功，但是海军部门将有关这次事件的信息作为高度机密，完全未向大众公布。之后的一年。公元2634年12月，地球联邦南美GX军第7方面军在举行军事演习时突然发出求救信号，联邦军在分析之后认为是“红色猎鹰”的残党和外星人所为，于是，魂斗罗小队的上等兵比尔·雷泽和兰斯·比恩再次出击。
魂斗罗2代在闯关过程中时常可以碰到很多弹药补寄，但是有两种枪是补寄里没有滴;
第一种就是8分花边弹:击中建筑后会爆炸分散成8个小球，对敌方造成额外伤害，威力甚是惊人，敌方炮台基本上，只需要—发，即可摧毁。
第二种就是烤火器:在魂斗罗2中使用手感极佳，原因就是烤火器射速非常之快，第三关boos在它从地底下升上来的一顺间，就可以将其秒杀，但是这个弹还存在一个缺点，那就是距离被限制。
1、相对于街机版，FC版的难度被大幅削减，甚至可能低于FC版的前作。
2、游戏中武器的表示改回前作般的猎鹰，但颜色变为红蓝两色交替闪烁。散弹枪S取消级别的设定。
3、俯视画面中的炸弹被取消，改回FC版前作般的无字母猎鹰，接到时令画面内敌人全灭。
4、FC版增加了新的关卡，原街机版的流程只大致相当于FC版的前六关。第七、第八关为原创关卡。
5、街机版已有关卡在移植后也有一定程度的流程变化，调整了部分关底Boss的设定。
