本作拥有四个模式，在格斗游戏中还是比较多的。
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忍者神龟无限能量版是一款格斗动作类型的游戏，这款游戏是神龟在FC上的最后一作，流畅感稍有欠缺。不过仍旧有板有眼，素质颇高，动作硬派，感兴趣的玩家快来体验吧！
在游戏中，角色血条上方的数字代表玩家在战斗中获得的分数，由战斗奖励、时间奖励、生命奖励三部分相加得来。战斗奖励即玩家在战斗中成功击中对方——没有被防御掉的时候，会根据所使用技能的不同获得高低不等的奖励，通常是拳100，踢200，投技、必杀技、球都是1000，部分角色的个别技能会有出入。
时间奖励即击倒对方后本局剩余时间转化的奖励分数，每秒1000。但是当游戏设置中将计时器调整为∞时，玩家将无法获得时间奖励。生命奖励是击倒对手后角色残留血量转化的奖励分数，满值大概在8000-9000，而如果是无伤击败对手，取代生命奖励的是一次性给出的完美奖励20000。
本作拥有四个模式，在格斗游戏中还是比较多的。
故事模式：玩家只能在四个神龟中选择一位进行格斗，不断闯关，最后和大BOSS决斗，救出老师。
玩家VS玩家：也是大家小时候经常玩的一个模式，所有的七个角色都可以选择。
人机对战：玩家可以选择与机器对战，也是七个人物中选择，除了自己还可以确定电脑对手。
竞赛模式：竞赛模式下，每次出场四名角色，可以任意选择游戏以及电脑，以淘汰赛的方式进行对战。
