全新重做的游戏画面，相比以前的版本更加精美
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战国传承3隐藏人物版故事情节仍然是老套的英雄拯救世界，只不过灾难降临在现代世界，而游戏里的英雄们也并非凡人，而是一直等到召唤的古代忍者和武士。游戏开始时只有四名角色，综合型的影连，速度较快的金之隼，力量型的金刚，以及速度最快但攻击力偏弱的红！
影连：出生于日本，忍者集团的首领，赋予的使命就是消灭邪恶的暗之帝王，遭遇兄长白鬼的反叛，希望找到白鬼回心转意。
金之隼：出生于西班牙，西班牙的忍者，在拜访日本期间被一群神秘人袭击，被影连手下救，随后参与讨伐活动。
金刚：出生于日本，影连队伍最年长的以为，职责就是保护影连的安全，心地善良，因此武器为铁棒。
红：和影连童年即认识，为了证明自身价值而加入忍者集团，创造了诸多独有的战斗技巧。
阿国：著名的舞者，也是红的姐姐，和流浪中的白鬼相遇，和白鬼一起加入最后讨伐暗之帝王的队伍。
白鬼：影连的兄长，被陷害误解，出走寻找洗刷自己冤屈的机会，最后一同参与讨伐的队伍。
游戏一共有六大地点，分别是中 国、意大利、日本、巴西、美国、京都。初期仅可在中 国、意大利、日本三个地点中进行选择；通关三个地点后可解锁巴西、美国的关卡路线，并在依次通关后解锁最终关卡京都。已通关的地点无法再次选择。
每个场景地图将存在相对国家的特色背景，例如中 国的古建筑、意大利的水城威尼斯、日本的现代化城市等。场景地图中存在可破坏的物品，通过破坏物品可获得飞行道具或食品。
