基本动作:射击
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异形战争（即《魂斗罗精神》中的与外星人的战争）结束三年后的公元2639年，战争后的世界一片疮痍，本就缺乏的物资掌握在少数人的手里,人们生活艰难，前次异形战争中的英雄巴哈姆特上校在失踪2年之后的2641年，联邦军的机器人部队突然发生暴动，地球联邦军统合机动部队特别任务班，通称“魂斗罗部队（Hard Corps）”的四人雷、茜娜、生化改造狼人尖牙和机器人布罗尼被派遣前往平息暴动。在任务的同时，地球联邦实验室内保存的异形细胞被抢夺。这一切都是两年前失踪的巴哈姆特上校所为。巴哈姆特上校为达成统治世界的野心和曼陀罗博士勾结，意图利用异形细胞开发生化兵器。“魂斗罗部队”因此被派遣出动阻止巴哈姆特的阴谋得逞。
基本动作:射击
跳跃(机器人拥有2段跳能力)
切换武器(本作每个人都可以携带4样兵器)
滑铲(带有攻判定与大约半秒的无敌判定)
地形动作:攀 爬(靠近墙壁就可以使用)
悬吊(与攀爬同样自动使用)
