加入了新的游戏模式和能量槽系统
拳皇99千年之战是拳皇系列最经典的一部作品，此部作品发生在1999年的新的格斗大会，此版本的游戏比之前些版本中加入了新的游戏模式和能量槽系统，还有前版本之中没有的援护系统，喜欢拳皇的朋友们不要错过这款经典的拳皇游戏！
KOF的故事在97年打倒大蛇后似乎就已经结束了。K'也接替了草薙京以及八神庵的主角地位，K'的身份无从参考，似乎是WHIP的弟弟？KOF99再次放弃前作成熟的系统，没有了模式选择，而改为所有人物通用的最大蓄满三颗宝珠的能量槽。并且取消了能量槽的继承系统。缩短了紧急回避的距离，加快了紧急回避的时间。并且向后回避时会向前小跳跃。同时可以CANCEL必杀技和超必杀。KOF系列也首次引入STRIKER和SUPER CANCEL的概念，并且新增爆气发动的反击模式和防护模式。
反击模式闪后进攻时必杀技的速度加快，可以CANCEL必杀技，而必杀技可以CANCEL超必杀。可以无限发超必杀，超必杀攻击判定加强，但出招变慢。不能发MAX超必杀。反击模式消失后能量槽也会消失一段时间，恢复后才能重新集气。
防护模式不能发超必杀，闪后进攻可以CANCEL必杀技，特定人物闪后进攻可CANCEL闪后进攻，防护模式被攻击后不会倒地，任何的攻击都不会中断。
对战模式也更改为4VS4，启用了创新的援护系统，队伍中第四人作为援护，可发动援护攻击。
一九九九年的世界格斗大会依然如期举行，这次大会是由神秘组织的首领古力查利度举办，他通过大会收集各地格斗家的数据，并试图将其克隆，亡图控制整个世界，他误以为K'是自己的克隆人，可是他万万没有想到，自己才是K'的复制品，古力查利度在被K'击败后，被克隆零宣布处死，自己也被N.E.S.T.S组织擦去了全部的记忆（其实他自己的记忆也是复制品）
由于98已经将原来的路走到了极致，为了再上台阶，SNK大胆改变基本操作系统，将原来的侧身闪避和紧急回避结合成闪避移动，并且在闪避过程中可以出招，进一步加大了系统的攻击性。此外爆发方式改成了攻击模式(COUNTER MODE)和装甲模式(ARMOR MODE)，视实际情况可以自行选择，要消耗全部三颗能量豆。护援系统的出现，使战斗变得更加扑朔迷离。适当运用护援，防守更如铁壁，进攻更似尖刀，将原本与自己实力相当的对手一挑三也不在话下。
