本作的战斗以回合制进行
幻想水浒传百年交织是KONAMI经典RPG《幻想水浒传》系列的最新作品，游戏以108名角色为卖点，主角与众多同伴展开一场轰轰烈烈的冒险故事。游戏中玩家可以自由选择喜好的同伴随行，一同踏上冒险之旅，喜欢的玩家快来下载吧！
本作的战斗以回合制进行，玩家可以编制最多6人的队伍，排列阵型并设置联携攻击以进行战斗。设定了联携攻击的队员在战斗中将会一同行动，随着连击数能够进一步提升招式的威力。如果将有着牵绊的几名特定角色组合在一起的话，还能够发动特殊的效果。
作为本作新要素之一的“技能传承系统”，则需要将同职业的两人合为一组，在战斗中使用“传承”指令，就能逐步将师傅的技能传授给徒弟来习得。此外，也有通过剧情|事件来获得传承的技能、料理等。
本作没有MP的设定，而是通过消耗“气力”来使用各种攻击与技能，而气力会在每次行动开始时稍微恢复。与数字系列不同，本作并没有纹章的存在，取而代之的则是魔石与各类消费品。使用魔法或弓矢的场合，不仅需要消费气力，还同时要消耗相应数量的魔石或弓箭。这样一来不仅避免了大招横飞使游戏过分单调，也使得战斗更具有趣味性。
另一个有趣的设定是，战斗中根据玩家达成的不同表现，获得经验值的倍数也将会随之提升，例如“仅2人行动就结束战斗”“一击打倒3名敌人结束战斗”“用药师作最后一击”等。探索各种挑战项目也算是游戏的一种乐趣吧。
幻水系列传统的“本据地”在本作中也依然存在。随着游戏的推进与同伴的加入，本据地中将会开启各式各样的设施，从制作料理提升角色能力的厨房到制作魔石的工房等，可以让玩家体验到育成的乐趣。
《百年交织》的战斗采用的是6人，3X3的阵型配置。魔法似乎不是通过消耗次数或者MP来释放，而是通过消耗“气力”来使用。可以与过去的英雄建立“师徒关系”，在战斗中，师傅使用传承指令可以提升角色的技能习得率。100%继承过去角色的技能也是可能的。
